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在亲鳖产卵后，不进行人工采卵，利用亲鳖池的产卵场或休息场及产卵沙盘，作鳖卵孵化沙床，自然孵化；或在养鳖池靠近防逃墙向阳、地势高处，挖几条10厘米深的沟，把卵采集起来排放于沟内，并将卵的动物极向上，然后覆盖10厘米厚的沙土，沙土的含水量以手捏成团、松手则散为度。沟边插上温度计，并记录产卵日期，以便稚鳖破壳后及时移入室内暂养。在孵化沟的两端砌几行砖，砖上横搁几根竹竿。日光曝晒温度较高时，加草帘或竹帘遮荫降温，雨天或晚上加塑料薄膜防雨保温。孵沟干燥时洒水，积水时则及时排除。
在孵化后期，稚鳖卵黄团临近消失，卵壳颜色逐渐变白、变脆，在卵壳全部变白、稚鳖即将出壳之前，在孵化场地或产卵场周围加竹箔，以防刚出壳的稚鳖下水池被亲鳖残食。为便于收集稚鳖，可在竹箔内选择地势低处，埋设几个水盆，使水盆盆口与地面相平，利用稚鳖出壳后要下水的本能，诱使其自行爬入水盆中，然后移往暂养池。
在自然条件下，外界环境温度如在30℃以下时，要达到36000℃孵化积温，从产下受精卵到稚鳖破壳而出，需50～70天。
在自然条件下的孵化，易受外界环境条件变化的影响，如白天、晚上温差大，因此孵化率很低，常在50％以下。所以，在人工养殖条件下，一般不采取自然孵化，而多用人工孵化法，以提高孵化率。
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提高鳖卵孵化效果的要点
1．选择适宜的孵化设施：农家庭院养鳖，在选择孵化场所时，如无条件购置恒温电孵箱，可因陋就简，搭设临时塑料棚温室（也可利用闲置的农家养蚕共育室充当）或在普通房屋内设置简易孵化箱。载卵盘（或盛卵框）容积视孵化场所的空间大小、欲孵鳖卵的数量而定。为了便于操作，载卵盘深度（长宽尺寸不限）以8～10厘米为宜，并要求载卵盘的底面及四壁有若干分布均匀的小孔（透气、滤水，孔径约5毫米）。在受精鳖卵进盘入室（箱）前，用新鲜的生石灰水或福尔马林把载卵盘、温室（孵化箱）等设施消毒好备用。
2．适时采卵：在鳖产卵季节，注意观察产卵场内鳖产卵印痕，一般在卵产出12～24小时出现动、植物极（卵内羊膜形成，胚胎完全固定）后及时采卵。采卵过早会破坏胚胎的固定，采卵过迟则会影响孵化进程。产出12～24小时后的正常受精卵，整体圆滑光亮呈乳白色（或粉红色），一端有白色亮点（即动物极），否则一般（少数受精鳖卵产出48小时才出现动物极）视为未受精卵，予以剔除。
3．正确放卵：先在载卵盘底面垫一层0.5厘米厚的薄海绵（减震、保湿），再在海绵上铺盖处理过的细沙（粒径0.5～0.6毫米）1～2厘米，做成卵床。然后把采集的受精卵均匀地排列在载卵盘内，卵的横间距为1.0厘米，卵的纵间距为1.5～2.0厘米，卵与卵之间的空隙用细黄沙嵌补。
4．控温保湿：鳖卵孵化期的平均积温为36000℃，鳖胚胎发育的适宜温度为26～36℃。在孵化过程中可因地制宜地采取多种方法（如白炽灯、电炉、煤炉、电热褥、取暖器、炕道等）加温，结合洒水、通风，将孵化室（箱）内温度控制在31～32℃。由于鳖卵抗低湿度能力较强，而抗高湿度能力较弱，孵化室（箱）内的相对湿度应稳定在70％～80％，即保持载卵盘内细沙含水7％～8％。在具体操作上，沙湿度以手捏成团、手松团散为宜。定期扒开载卵盘内细沙，观察沙层湿度情况，需要时用喷雾器向沙面适量喷水。
5．通风换气：孵化室（箱）每日坚持通风1～2小时，保证鳖胚胎发育过程中正常呼吸所需氧气。尤其在使用燃煤炉、炕道加温孵化中，通风换气更为重要，它可减轻泄漏的废气、废烟对鳖卵的毒害。
6．其它注意事项
⑴一般每只载卵盘放卵不超过3层，过多会使控温、保湿操作难度增大，且不利于底层卵中稚鳖顺利出壳，影响孵化效果。
⑵由于卵的大小不同和胚胎发育所处时期的不同对温度要求不一致；因此同一批孵化的卵，其产出时间差异不宜超过1周，卵的规格悬殊也不宜过大。
⑶从采卵至稚鳖出壳整个孵化过程（特别是在卵进床后的1个月内，胚胎尚未发育完全），动作要轻，避免剧烈震动或摇晃受精卵而导致胚胎发育不良（甚至胎死壳中）。
⑷孵化期间要严防蚂蚁、老鼠等敌害对鳖卵（稚鳖）的侵害，并注意经常疏通载卵盘底面的滤水孔，以防滤水孔堵塞而积水淹卵。
鳖卵的室外孵化房和孵化场孵化
1．孵化房孵化：在目前情况下，要保持恒温、恒湿条件下的孵化比较困难，不易普及。故可因陋就简，根据孵化的三项条件在室外建造简易的孵化场所孵化房进行孵化。
建造孵化房，应选择地势较高、向阳背风、排水条件良好，且离产卵场近、便于管理的地方。面积根据孵化鳖卵的数量而定，一般4～10平方米为宜。孵化房坐北朝南，墙高1.5米左右，屋顶架设钢筋棚架或木质檀条，上盖塑料薄膜、帆布或苇席的活动天棚。室内地面向南倾斜5～10度，以利采光、吸温和排水。最底层铺10厘米厚的碎石或粗沙做滤水层，上铺30～50厘米厚的细沙。在最低处设一个或数个水缸，缸口与细沙面相平，缸内装2/3的清水，以备后期采集稚鳖。房内留出人行道，以便进行管理。四壁要有窗口和通气孔，墙基要设有排水孔。孵化房按要求准备好后，即可进行孵化。将采集的受精卵动物极朝上，按2厘米左右的间隙在沙面上排放好，上面覆盖2厘米厚的细沙，按上法依次排列第2层、第3层，最多可排放3层，最上面覆盖2～5厘米厚的细沙。
2．室外孵化场孵化：根据孵化所需要的三项基本条件，在室外应选择比较安全、地势较高、背风向阳、方便管理的地方建立简易孵化场。面积根据孵化卵的数量而定。孵化场要建成半地上、半地下，池壁高35厘米、池底向滤水孔的一端倾斜（防积水），为南北长、东西宽的长方形水泥池，也可直接用砖砌成。池壁上边要高出地平面5～10厘米。池周围设5～10厘米宽的小水沟，以防蚂蚁进入孵化场。滤水孔要建于孵化场底部最低的一端，并向外部倾斜。在东西两端的池壁上用木板或用砖石水泥做成中间高、两边低的人字形山墙状，或北高南低的斜墙状，顶部用木料架一东西向的横梁，两边用木架框镶玻璃做成窗户状，向南北两侧倾斜或只向南倾斜，并以活页将玻璃窗和木梁连接起来，可上下打开关闭。也可在木梁上方搭塑料薄膜。
这种小屋形孵化场结构，关闭时既可防雨，又可保温保湿，打开时又可通风降温。其面积不宜过大，面积过大不便操作管理。也可建成长方形孵化池。
孵化池建成后，底部铺3厘米厚、粒径为0.5～1厘米不规则的圆形小卵石；其上铺1～2厘米厚、粒径为2～3毫米的粗沙；第三层再铺1～2厘米厚、粒径为0.5～0.6毫米的细沙，含水量10％左右。以上所铺的沙子，铺前都要用20毫克/升的漂白粉溶液消毒或煮沸消毒，以防细菌感染而影响孵化率。把采来经检查过的受精卵，动物极朝上依次排列在细沙上，在卵上盖一层厚1～2厘米、粒径2～3毫米的粗沙，粗沙上再盖一层5～7厘米厚、粒径为0.6毫米的细沙，沙子含水量为10％～15％（即手捏成团、松手散开）。排卵时每天的卵排在一起，插上标签，写上日期和卵的个数。