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消毒就是消除或杀灭环境中的病原微生物。水体消毒是水产养殖防病治病的重要手段，当需进行水体消毒时，有两个问题应引起注意：
一、在水产养殖水体使用的各种消毒措施，通常很难将病原微生物全部杀灭(要达到全杀的程度，其养殖的动物也难以生存)，只是大量减少它们的生物量，使其不能形成优势群体，不能形成能够致病的种群数量。如腐皮病的病原嗜水气单胞菌，在大多数养殖水体中都存在，但数据不多，不致于引起疾病发生，而在发生腐皮病的水体中，每毫升水中含菌量可高达几千亿个。
二、在池塘消毒过程中，任何有效措施，都是有代价的，它可能会破坏原有的生态系统，也可能会对养殖的动物产生不利影响。因此，在进行水体消毒时，应充分考虑消毒剂对环境和养殖动物的影响，采用适当的消毒剂和适当消毒的方法，从而达到净化，稳定水质，促进物质循环，造就鳖生长良好的生态环境，使鳖健康生长的目的。
消毒剂的使用
一、生石灰
生石灰(CaO)是水产养殖中经常使用的物质，具有许多优点，如杀灭病原体(寄生虫、细菌等)；改善底质的透气性；调节pH值，提高水体缓冲能力；为浮游生物提供Ca2＋等等。养殖户在使用生石灰时有几个问题需要注意：
1.生石灰作为消毒剂，只在清塘时才有作用。这个时候用量达ppm，使池水的pH值大于12，从而将水中各种生物基本杀死，但仍不能全杀。如轮虫卵、微生物孢子、芽孢，还有一些钻入深层或爬到岸边的螺等等。我们平时使用30ppm～50ppm剂量全池泼洒，严格讲不能算消毒，只能起到调节水质的作用。使用这个浓度，池水的pH变化不大，pH一般不会超8.5，而许多致病菌的最适pH值都高于8.5。如嗜水气单胞菌的最适pH在5.5～9.0，此时的生石灰不可能起到杀灭病原体的作用。因此，在甲鱼发病期间，特别是暴发传染病时，要慎用生石灰，一方面不能对生石灰作用的期望太高，以免延误治疗时间；另一方面要考虑到生石灰对使用其他药物的影响。通过调节水质，促进浮游植物和有益微生物的大量繁殖，进而抑制致病微生物的生长，为养殖动物创造一个良好的生态环境，是水产养殖成功的较佳途径。
2.生石灰在池水氨氮含量高的时候要慎用。水体中的氨氮有两种存在形式：离子态氨(NH4＋)的毒性很低；而非离子态氨(NH3)的毒性很高。它们在水中因pH＝6.5时，NH3占0.25%；当pH7.5时，NH3占2.5%；当pH＝8.5时，NH3占20%。目前，温棚养鳖的池水氨氮含量普遍超标数倍，甚至数十倍。有的池水氨氮含量高达100mg／l。当高氨氮的池水pH值在7以下时，可能并不引起中毒表现。一旦下较多生石灰就会导致非离子态氨含量迅速升高，引起甲鱼氨中毒。因此，在氨氮含量高的水体中应先更换部分水，再泼洒生石灰，或将生石灰分少量多次泼洒。
3.有些药物不宜和生石灰一起下，如含氯消毒剂。次氯酸盐15ppm，在pH＝6时，8.5分钟能减少99%的微生物，而pH＝8时，需要42分钟。由于甲鱼池水有机质等消耗有效氯的物质含量高，42分钟次氯酸盐已基本无杀菌作用。再如含碘消毒剂，在酸性条件下游离碘增多，杀菌作用强，而碱性条件下杀菌作用弱。另如敌百虫、孔雀绿等药物也不宜与生石灰一起使用。
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相关知识
鸭场消毒剂使用时应遵循的原则
消毒杀菌药的作用，取决于药物本身的理化性质，也受多种环境因素的影响。
(1)一般是配成溶液使用，其浓度和作用时间应符合规定的要求。一般来说，药物的浓 度越高，作用时间越长，作用越强，但对鸭体表的刺激也越大。因此，一定要掌握适当浓 度及作用时间。
(2)消毒药必须与病原体直接接触，才能发挥最大效力，故应用这类药物前一定要将消毒场所打扫干净，防止有机物影响消毒效果。
(3)消毒药液温度对消毒效果有影响，一般每增加10度，杀菌作用约增强1倍。所以，对于加热后不被破坏的消毒药物如氢氧化钠等，可用热的水溶液等。
(4)注意病原微生物的敏感性。病原微生物的种类不同，细菌、病毒等也不一样。所以，在实际应用时，要针对病原微生物的特性，选用效果最佳的药物。
此外，还要注意消毒环境的温度、干湿度、酸碱度等，这些都与消毒效果密切相关。
养鸭场怎样使用消毒药
通过化学 、物理等消毒方法来控制养鸭场疫病流行，消灭病原微生物(病毒、芽胞或无芽胞以及细菌)等，是养鸭场重要工作之一。鸭场消毒时要遵循三先三后的原则，即:先净道(运送饲料的道路)，后污道(清粪车行驶的道路);先青年鸭舍，后产蛋鸭舍;先种鸭舍后商品鸭舍。就消毒而言，对消毒前后无差别的消毒药，经过提高浓度后仍然无效的应予淘汰，在检测得到有效的消毒浓度后，还应考虑消毒药的成本，经过比较计算最终获得适合本场的几种消毒药，以期轮换用药。这样，既起到了消毒效果，又降低了消毒成本，且延长了一种消毒药在本场的使用时间。消毒前先要做物理性的清扫冲洗，以防有机物(粪、尿、脓血、体液等)的存在，然后再进行药液喷洒消毒。目前用于鸭场环境消毒的药物有:苛性钠(或苛性钾)、福尔马林、漂白粉、新洁而灭、克辽林(臭药水)、来苏儿(煤酚皂溶液)等。但也应根据病原体的种类以及消毒药的特性进行选择。
1 苛性钠(或苛性钾)
2% 的浓度能杀死大多数病微生物，4%能在45分钟内杀死细菌的芽胞，但结核杆菌对苛性钠的抵抗力较强，10%苛性钠需要24小时才能杀死。通常用2%^3%热溶液消毒鸭舍墙壁、地面等。由于苛性钠溶液腐蚀性很强，因此工作人员在消毒时应穿戴胶靴和橡皮手套。并勿让溶液溅人眼内，消毒后要用水将饲具、地面上附着的药品洗净。苛性钠极易吸收大气中的水分而潮解，渐变成碳酸钠，使消毒效力大大减弱，因而在保存和使用时应加注意。
2 福尔马林
为 37% -40%的甲醛溶液。0.5%-2.5%福尔马林能在 6-24小时内杀死一切细菌、芽胞和病毒，可用于鸭舍、用具和排泄物等消毒。一般制成溶液进行喷洒和洗涤，也可利用甲醛蒸气进行熏蒸消毒，其方法是按消毒对象(如房舍、孵化器等)的容积每立方米用福尔马林25毫升，高锰酸钾12.5克，算好各种成分的总用量，将福尔马林倒人瓷盆中，再倒人高锰酸钾，然后紧闭门窗(房舍)或容器 (孵化器等)12-24小时，由于高锰酸钾和福尔马林相遇产生高热，使甲醛蒸发，从而达到消毒目的。消毒完毕后，打开门窗或容器，通风换气3-4天，使其中的甲醛气逸散。应用甲醛蒸气熏蒸消毒时，盛装药品的瓷盆的容积应不小于福尔马林容积的4倍，以免福尔马林沸腾时溢出; 甲醛蒸气的杀菌力与温度湿度均有关系，消毒时温度应不低于15度，湿度越大，杀菌力越强。
3 漂白粉
又称含氯石灰，是氯化钙、次氯酸钙和消石灰的混合物，其主要成分是次氯酸钙。次氯酸钙在水中分解，产生的新生氧和氯都具有杀菌作用。5%漂白粉乳剂能在5分钟内杀死大多数细菌，10%20%0乳剂可在短时间内杀死细菌的芽胞。漂白粉适用于鸭舍、土壤、粪便、脏水等的消毒。消毒前先将其配成悬浊液，密闭放置一昼夜，取上清液作喷雾消毒用，沉淀物可用作水沟和地面的消毒，不过粪水和其他液体物质消毒时多采用粉剂。漂白粉对皮肤、金属物品和衣物有腐蚀性，消毒时应注意。
4 新洁尔灭
新洁尔灭有较强的除污和消毒作用，可于几分钟内杀死多数细菌。0.1%新洁尔灭用作洗刷饲养管理用具以及手臂消毒，或进行喷雾消毒。消毒种蛋也可用其 0.1%溶液(温度为31-40度)浸洗5分钟。本品阳离子消毒剂，应用时忌与肥皂等配合，如先用过肥皂、氢氧化钠等，则应先以清水充分洗净后，再用新洁尔灭消毒。
5 克辽林(臭药水)
为暗褐色油状液体，是兽医消毒中应用很广的一种消毒剂，常用其5%热溶液消毒非芽胞菌所污染的鸭舍和饲管用具。
6 来苏儿(煤酚皂溶液)
普通浓度对皮肤无刺激性，故消毒中广泛使用。 3%-10%热溶液常用于消毒无芽胞菌污染的鸭舍、饲管用具及手臂等。结核杆菌对来苏儿有抵抗力，在10%溶液中经过10小时仍能生存。